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膿毒癥患者中性粒細胞差異表達基因及信號通路的生物信息學分析
關鍵詞：膿毒癥 中性粒細胞 差異表達基因 關鍵基因 蛋白相互作用網(wǎng)絡
摘要：目的尋找膿毒癥患者中性粒細胞中發(fā)生差異變化的致病相關基因及關鍵通路。方法從基因表達匯編(GEO)數(shù)據(jù)庫下載GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143個實驗組樣本及65個對照組樣本的基因芯片數(shù)據(jù)。采用R軟件的相關程序包篩選鑒定出中性粒細胞差異表達基因(DEG)。通過兩兩交集,得到共93個DEG,進一步用DAVID、STRING及Cytoscape里的ReactomeFIPlugIn和Cytohubba應用程序等多種方法進行基因功能和通路富集分析、PPI網(wǎng)絡分析和關鍵基因分析。結果確定中性粒細胞最重要的關鍵DEG,包括Toll樣受體2(TLR2)、原癌基因SRC、基質(zhì)金屬蛋白酶9(MMP9)、白細胞介素1受體2(IL1R2)、抑制蛋白β1(ARRB1)、白細胞介素1受體相關激酶3(IRAK3)、白細胞介素18受體1(IL18R1)、白細胞介素18受體相關蛋白(IL18RAP)、絲氨酸/蘇氨酸激酶17b(STK17B);發(fā)現(xiàn)了一些涉及膿毒癥患者致病相關的通路以及免疫相關的生物學過程。結論這些基因可能通過多種信號通路引起膿毒癥的發(fā)生發(fā)展。
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