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基因組時代線粒體基因組拼裝策略及軟件應(yīng)用現(xiàn)狀
關(guān)鍵詞：全基因組 線粒體基因組 有參考序列拼裝方法 從頭拼裝方法 拼裝軟件
摘要：隨著測序技術(shù)的不斷發(fā)展,越來越多物種的全基因組數(shù)據(jù)被測定和廣泛應(yīng)用。在二代基因組數(shù)據(jù)爆發(fā)式增長的同時,除了核基因組數(shù)據(jù),線粒體基因組數(shù)據(jù)也非常重要。高通量測序的全基因組序列中除了核基因組序列也包括線粒體基因組序列,如何從海量的全基因組數(shù)據(jù)中提取和拼裝線粒體基因組序列并加以應(yīng)用成為線粒體基因組在分子生物學(xué)、遺傳學(xué)和醫(yī)學(xué)等方面的研究方向之一?；诖?從全基因組數(shù)據(jù)中提取線粒體基因組序列的策略及相關(guān)的軟件不斷發(fā)展。根據(jù)從全基因組數(shù)據(jù)中錨定線粒體reads的方式和后續(xù)拼裝策略的不同,可以分為有參考序列拼裝方法和從頭拼裝方法,不同拼裝策略及軟件也表現(xiàn)出各自的優(yōu)勢和局限性。本文總結(jié)并比較了當(dāng)前從全基因組數(shù)據(jù)中獲得線粒體基因組數(shù)據(jù)的策略和軟件應(yīng)用,并對使用者在使用不同策略和相關(guān)軟件方面給予建議,以期為線粒體基因組在生命科學(xué)的相關(guān)研究中提供方法上的參考。
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