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泌尿系統(tǒng)腫瘤長鏈非編碼RNA UCA1的生物信息學(xué)分析
關(guān)鍵詞：泌尿系統(tǒng)腫瘤 膀胱癌 長鏈非編碼rna uca1 生物信息學(xué)
摘要：目的 分析長鏈非編碼RNA (lncRNA) UCA1在泌尿系統(tǒng)腫瘤中的表達(dá)及其對腫瘤患者的意義,并對UCA1的下游靶基因預(yù)測, 為UCA1在泌尿系統(tǒng)腫瘤中的功能研究提供生物信息學(xué)數(shù)據(jù).方法 利用UALCAN數(shù)據(jù)庫分析人膀胱癌 ( bladder carcinoma, BC) 中UCA1的差異表達(dá), 并對UCA1進(jìn)行生存分析;利用RegRNA2. 0和HMDD預(yù)測UCA1調(diào)控的膀胱癌的microRNAs;通過Real-time PCR實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證篩選出的靶基因;利用TargetScan、 StarBase和miRDB平臺(tái)軟件預(yù)測microRNAs下游的靶基因;采用FunRich平臺(tái)對預(yù)測的靶基因進(jìn)行Gene Ontology (GO) 分析、 KEGG信號通路及轉(zhuǎn)錄因子富集分析.結(jié)果 通過分析UAL-CAN數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn), UCA1在膀胱癌表達(dá)量相比正常膀胱組織有明顯升高, 在腎透明細(xì)胞癌 ( KIRC) 中的表達(dá)量和正常腎組織無顯著差別, 而在乳頭狀腎細(xì)胞癌 ( KIRP) 中UCA1 的表達(dá)相比正常反而降低.隨著UCA1的表達(dá)升高患者總生存期下降, 病理分級越高UCA1的表達(dá)量越高, 男性中的UCA1表達(dá)量明顯高于女性. RegRNA軟件和HMDD v3. 0數(shù)據(jù)庫預(yù)測, 發(fā)現(xiàn)hsa-miR-1182和hsa-miR-203-3p與膀胱癌中UCA1呈正相關(guān).經(jīng)Real-time PCR驗(yàn)證篩選 UCA1 與 hsa-miR-203-3p 表達(dá)趨勢一致.在生物學(xué)功能研究過程中, hsa-miR-203-3p的靶基因在堿基、核苷、核苷酸及核酸代謝及基因轉(zhuǎn)錄等過程中發(fā)揮重要的調(diào)節(jié)功能.對KEGG信號通路分析中, microRNA靶基因主要富集在LKB1信號通路調(diào)控過程.對hsa-miR-203a-3p靶基因調(diào)節(jié)的轉(zhuǎn)錄因子分析, 發(fā)現(xiàn)主要集中在POU2 F1和EGR1兩個(gè)轉(zhuǎn)錄因子.結(jié)論 UCA1在膀胱腫瘤中高表達(dá), 有望成為腫瘤診斷和治療的潛在分子標(biāo)志物.通過生物信息學(xué)方法對UCA1的靶基因預(yù)測, 可為深入研究UCA1調(diào)控BC的作用機(jī)制提供更全面的研究線索.
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