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鼠疫耶爾森菌CAF-1基因的生物信息學(xué)分析及抗原表位預(yù)測
關(guān)鍵詞：鼠疫耶爾森菌 抗原表位 生物信息學(xué)
摘要：目的探討鼠疫耶爾森菌CAF-1基因的組成結(jié)構(gòu)及生物學(xué)功能。方法運(yùn)用ProtScale,TMHMM Server,Signal P 3.0 Server,NetPhos3.0 Server,SOPMA,Swiss-mode和DNAStar等生物信息學(xué)軟件分析鼠疫耶爾森菌CAF-1基因的氨基酸序列組成、理化性質(zhì)、親疏水性、信號肽、磷酸化位點(diǎn)、糖基化位點(diǎn)、二、三級結(jié)構(gòu)和B、T細(xì)胞抗原表位等。結(jié)果 CAF-1是由170個(gè)氨基酸構(gòu)成的富含蘇氨酸的穩(wěn)定親水蛋白,相對分子質(zhì)量為17.7×10~3,理論等電點(diǎn)為4.83,不含跨膜區(qū)且磷酸化程度較高。二級結(jié)構(gòu)中β轉(zhuǎn)角和無規(guī)則卷曲為主要結(jié)構(gòu)原件,分別占41.18%和32.35%。同源建模顯示,GMQE和QMEAN評估分值分別為0.90和0.76?？乖砦活A(yù)測顯示,該蛋白含有多個(gè)B細(xì)胞優(yōu)勢抗原表位和7個(gè)優(yōu)勢CTL表位。結(jié)論生物信息學(xué)預(yù)測CAF-1基因編碼蛋白為穩(wěn)定分泌蛋白和外膜蛋白,含有較多的B、T細(xì)胞抗原表位,具有較好的抗原性,可作為新型疫苗的潛在候選基因。
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