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副溶血弧菌CalR蛋白結(jié)構(gòu)與功能的生物信息學(xué)分析
關(guān)鍵詞：副溶血弧菌 vp0350 calr蛋白 生物信息學(xué)
摘要：目的探討副溶血弧菌VP0350基因編碼蛋白CalR的結(jié)構(gòu)和功能。方法從NCBI GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取VP0350基因及其編碼蛋白CalR序列;利用ExPASy服務(wù)器中的ProtParam及ProtScale預(yù)測(cè)CalR蛋白的一般理化性質(zhì)及親疏水性;利用TMHMM Server v.2.0及SignalP 4.0 Server分析CalR蛋白的跨膜區(qū)及信號(hào)肽;利用SOPMA分析CalR蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)并利用Phyre 2 sever對(duì)其進(jìn)行蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)同源模型構(gòu)建;利用NCBI的CDD(Conserved Domain Database)數(shù)據(jù)庫(kù),NetPhos 3.1Server及STRING 11.0對(duì)CalR蛋白的結(jié)構(gòu)域,磷酸化位點(diǎn)和相互作用蛋白進(jìn)行預(yù)測(cè)分析。結(jié)果副溶血弧菌VP0350基因編碼的CalR蛋白由319個(gè)氨基酸構(gòu)成,相對(duì)分子質(zhì)量為36.192 34×10~3,理論等電點(diǎn)(pI)為6.20,為不穩(wěn)定的親水蛋白,無(wú)信號(hào)肽和跨膜螺旋區(qū),二級(jí)結(jié)構(gòu)中主要為α-螺旋,并成功構(gòu)建三級(jí)結(jié)構(gòu)模型。CalR蛋白具有1個(gè)保守結(jié)構(gòu)域和多個(gè)磷酸化位點(diǎn),并具有多個(gè)相互作用蛋白。結(jié)論生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)CalR蛋白為親水性蛋白,含有抗原表位區(qū)域,可為副溶血弧菌感染的表位疫苗研究提供參考依據(jù)。
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