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Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)在腫瘤研究中的應(yīng)用
關(guān)鍵詞：oncomine數(shù)據(jù)庫(kù) 癌基因 基因表達(dá)與分析
摘要：Oncomine是目前世界上最大的癌基因芯片數(shù)據(jù)庫(kù)和綜合數(shù)據(jù)挖掘平臺(tái)之一,該數(shù)據(jù)庫(kù)整合了GEO、TCGA和已發(fā)表文獻(xiàn)來(lái)源的RNA和DNA-seq數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)庫(kù)目前含有715個(gè)基因表達(dá)數(shù)據(jù)集(datasheet)、86 733個(gè)人體腫瘤組織和正常組織樣本的信息,且有新的數(shù)據(jù)不斷更新。Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)囊括的腫瘤類(lèi)型有19種,包括:膀胱癌、腦/中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤、乳腺癌、宮頸癌、結(jié)直腸癌、食管癌、胃癌、頭/頸腫瘤、腎癌、白血病、肝癌、肺癌、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、肉瘤。本文就如何利用Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù),進(jìn)行腫瘤組織中癌基因表達(dá)差異性分析以及基因共表達(dá)分析、癌基因在腫瘤組織中的表達(dá)及拷貝數(shù)分析、多組研究數(shù)據(jù)集的薈萃分析(metaanalysis)、以及癌基因表達(dá)與患者生存率關(guān)系等進(jìn)行分析。通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)可以對(duì)腫瘤癌基因進(jìn)行研究前的篩查,有利于發(fā)現(xiàn)新的腫瘤生物標(biāo)記物或治療靶點(diǎn),為臨床科學(xué)研究奠定一定的理論基礎(chǔ)。
中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào)雜志要求:
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